近年、精神医学および心理学の臨床において、サイコセラピーは欠くことの出来ない重要な領域であります。その中で、多くの学会が独自の治療を行っておりますが、残念ながら相互の技法交流はあまりありませんでしたし、また、サイコセラピ―の水準を高める検定もなされてきませんでした。
　そのため、相互の長所を学び、学派を超えて症例ごとの最善のサイコセラピーを追求する場が必要だと考えていたところ、二つの、サイコセラピー学会の設立を加速するエピソードがありました。
　一つは、ユングが創始した学際的、国際的組織であるIFP（International Federation for Psychotherapy）より日本の当学会作田勉事務局長に、日本における受け皿機関を作ってほしいとの呼びかけがありました。ＩＦＰは、世界における約４０の各国、各地域、各技法のサイコセラピー学会を統合した機構であります。
　それをきっかけに、1999年6月に日本サイコセラピー研究会（JFP）を発足し、2001年より研究会から学会に発展し、日本サイコセラピー学会なりました。
　次に、『ヨーロッパサイコセラピー学会事務局長のＰrof.Pritz氏から作田勉事務局長に欧日共通のサイコセラピスト資格を目指そうとの提案がなされ、両者の間で契約が締結されました。そして、第４回大会でProf. Pritzが来日し、講演をされ、欧日共通サイコセラピスト資格（ＪＣＰ）を日本の主要なサイコセラピストに第一回として自ら手渡されました。
　当学会では、十分なサイコセラピー教育を受け臨床経験を積んだ人々に、欧日共通サイコセラピスト資格を授与しています。現在、１００名以上の方々が受けられました。また、研修制度も構築しつつあります。
　なお、初代理事長は大原健士郎先生、現理事長は牛島定信先生です。